La conception du navire est traditionnelle d’un bâtiment prévu pour l’exploration maritime. Le navire est composé d’un pont supérieur où sont réalisées le plus gros des manœuvres de voiles. Le pont supérieur est surplombé par un château arrière et un gaillard avant. Le pont inférieur est quant à lui dédié à la vie à bord et au repos de l’équipage. Enfin les cales permettent l’entreposage de matériel, de vivres et de marchandises diverses.

Le gaillard avant : Son pont est dégagé et part sa surélévation par rapport au pont supérieur offre une bonne visibilité. Il peut être utile en cas d’afflux de marchandises qui ne pourraient pas rentrer dans les cales. L’espace sous le pont du gaillard avant abrite la cambuse, lieu d’entreposage des vivres utiles pour les prochains jours et de préparation des repas. La cambuse est un espace fermé où tout une partie de la façade donnant sur le pont supérieur est amovible à mi-hauteur lors de la distribution des rations. L’ensemble du gaillard avant est à rénover ; le bois de la porte est à moitié pourri et les pans amovibles de la façade sont arrachés.

Le château arrière : Son pont compte la barre et le mât d’artimon. Sur son bastingage peut y être accroché une barque pouvant accueillir une dizaine de personnes. Le château en lui-même sert aux appartements du capitaine. Ceux-ci comprennent un lit, un coffre, un bureau avec une chaise, une petite bibliothèque et une table ronde d’un mètre de diamètre avec deux fauteuils. La pièce est assez lumineuse du fait de fenêtres à vitraux sur tout l’arrière de la salle. Cette partie du bateau a été la moins touchée durant le naufrage, c’est aussi celle-ci qui a été réparée en priorité une fois que le Phénix était en mesure de flotter. Seul le mât d’artimon est à consolider, ainsi que ses voiles et son gréement.

Le pont supérieur : Le reste du pont supérieur sert aux manœuvres des voiles du grand mat. Des échelles de cordes partant de bâbord et tribord permettent de monter jusqu’au nid-de-pie, point culminant du bâtiment, offrant une vue dégagée sur les alentours. Le pont et le mât sont en bon état. Ce n’est pas le cas des voiles et du gréement qu’il faudra intégralement changer.

Le pont inférieur : Espace dédié à la vie à bord, il comprend deux cabines (une en proue et une en poupe) et une salle d’hygiène très sommaire mais qui a le mérite d’exister. Des couchettes superposées sont disposées le long de la coque à bâbord et tribord. Une grande table rectangulaire vient agrémenter la superficie restante pour créer une sorte de salle commune. Au sol trois trappes verrouillées sont réparties sur la longueur du navire pour accéder aux cales. Le pont inférieur est assurément le niveau qui a été le plus touché par le naufrage. Deux trous dans la coque (un dans la cabine de proue, l’autre au niveau de la salle d’hygiène) peuvent facilement laisser passer un homme ou autre… Le bois des couchettes casse au moindre poids posé dessus. La façade intérieure de la cabine de poupe s’est effondrée. Le sol quant à lui a été consolidé et est viable.

Les cales : Réparties en trois compartiments, l’ensemble atteint une capacité d’une vingtaine de tonneaux. Les cales ont été intégralement réparées afin que le bateau puisse flotter et être remorqué non loin de Port-aux-Echoués.